სახელწოდება ბაქო მომდინარეობს სპარსული სიტყვიდან Bād-kube, რაც ნიშნავს „ქარიან ქალაქს“. ნაკლებად სავარაუდო ხალხური ეტიმოლოგია განმარტავს ქალაქის სახელს, გამომდინარე სიტყვიდან Baghkuy, რაც ნიშნავს „ღვთის ქალაქს“. არაბულ წყაროებში ქალაქის სახელწოდებების Baku, Bakukh, Bakuya, and Bakuye. თითოეული მათგანი სპარსული სახელწოდებიდან გამომდინარეობს.